虽然，通过屈光手术能够治疗和改善散光眼，但是如果手术不当或保养欠缺，有可能引发并发症，这些并发症主要有：
（1）中央岛：近视眼或近视散光眼，手术治疗后在角膜中央出现的岛状隆起。发生在宽束准分子激光治疗之后，可能由于光束形状异常或引起角膜中央基质层的水合作用增加。
（2）矫正不足或过矫：手术不当可能导致散光矫正不足或过矫，如激光束偏离中心或出现故障、异常的角膜水合状态、愈合反应过度或不足等。
（3）角膜瓣移位：这是激光原位角膜磨镶术独有的并发症。如果手术后发生角膜瓣移位，在清除碎片和上皮细胞后，抬起角膜瓣重新放置。角膜瓣下的上皮生长能够明显影响视力，需要清除这些上皮细胞。手术后24小时戴防护眼罩能有效防止这种并发症。
（4）屈光性切削偏心：激光切削偏心可引起眩目、不规则散光，对视力的矫正效果下降。
（5）视觉异常：手术后数月由于进入眼内的光线发生散射而导致眩目和出现星状光芒。在散光性角膜切开术后，这种情况可能存在1年以上。在激光屈光性手术后，患者常常在夜晚出现眩目和光晕。
（6）感染性角膜炎：很罕见，一旦发生就相当严重，必须积极治疗。
（7）角膜上皮内生：发生在激光原位角膜磨镶术后，上皮长到角膜瓣下，影响视力，需要清除入侵上皮。
（8）弥散性板层角膜炎：这也是激光原位角膜磨镶术独有的并发症。通常发生在手术后第一天，出现角膜瓣表面的白细胞浸润。在角膜瓣的周围出现轻度条状浸润，数日内范围扩大，浸润加重。治疗的主要方法是点糖皮质激素类眼药水。严重病例可能需要掀开角膜瓣，冲洗掉入侵的白细胞。
